Osmanlı’ya kadar giden bir tarihi süreç Karabağlar’ın hikayesi… 1424’te Muğla’nın Osmanlı sancağı olması sonrasında Kanuni Sultan Süleyman Muğla’yı ziyaret eder. 1522’de Rodos adasını almak için İstanbul’dan yüz bin kişilik ordu ile hareket eden Kanuni, Temmuz ayında Karabağlar’da otağ kurar. Kanuni Sultan Süleyman, kendisine takdim edilen kişi ve bölgedeki yerlerin hep ‘Kara’lı olmasından dolayı (‘Kara İmam, Kara Mehmet, Kara Molla, Kara Hafız, Karabağlar, Karaçayır, Karadağ ve Karaağaç) ardından “Karaları bırakın bu ilin adı bundan böyle Ganibağ olsun” der. Karabağlar Yaylası o dönem Sultan methiyesini kazanır.
Sonrasında Kütahya’daki yörükler kuraklık sebebiyle hayvanlarını otlak aramaya başlar. Yirmibeş çadırlı iki yörük ailesi umutla Düğerek ve Karabağlar’ın kuzeyindeki Düzen denilen yere yerleşir. O dönemde Karabağlar’a insanın girmesi olanaksızdır çünkü yoğun bir bitki örtüsüyle kaplıdır. Ve Evliya Çelebi o dönemki Karabağlar’ı Seyahatnamesi’nde “Karabağlar’ın yollarına bir yabancı girse bir ağaç deryası içinde yolunu bulamaz ve hayretle kalır. İrim ve kesiklerden oluşan yollar birbiri ile kesişir. Bu bağ yollarında asla güneş yoktur. Zira kesik üzerindeki ağaçların dalları gökyüzünü kapatırcasına birbiri içine girmiştir” ifadeleriyle anlatır.
Devamında insan yerleşiminin yaygın hale geldiği Karabağlar’da parsellere “yurt” adı verilir. Genellikle 2-3 dönümlük mülkiyetlerdir ve ait oldukları ailelerin lakaplarıyla veya kahvelerin adıyla anılır.